1902 में स्थापित, मायकोनोस में यह पुरातात्विक संग्रहालय मुख्य रूप से 426-425 ईसा पूर्व के एक शुद्धिकरण गड्ढे से प्राप्त पुरावशेषों को संरक्षित करने के लिए स्थापित किया गया था, जिसे 1898 में खोजा गया था। संग्रहालय की इमारत में विशिष्ट नवशास्त्रीय विशेषताएं हैं। संग्रहालय में जटिल रूप से डिज़ाइन किए गए अनगिनत फूलदान प्रदर्शित हैं, जिनमें से कुछ प्रागैतिहासिक काल के हैं, और हेलेनिस्टिक काल से संबंधित फूलदानों का एक समूह है। संग्रहालय में सबसे महत्वपूर्ण प्रदर्शनों में से एक पाइथोस की कुशलता से खींची गई पेंटिंग हैं, जिन्हें 1961 में खोजा गया था जब उत्खननकर्ता मायकोनोस में एक कुआं खोद रहे थे।