शैक्षणिक जेल में तीन छोटे कमरे हैं जिनमें छात्रों को विश्वविद्यालय के नियमों का उल्लंघन करने के लिए कैद किया गया था, जैसे कि पुस्तकालय में किताब वापस नहीं करना। यह पूर्व जेल कोयम्बटूर विश्वविद्यालय में जोआनिना लाइब्रेरी के तहखाने में स्थित है। 1834 में, इसके बाद पुर्तगाल में उदारवादी क्रांति के दौरान, इसका उपयोग प्रबुद्ध पुस्तकों और पांडुलिपियों, चर्चों और मठों के भंडार के रूप में किया जाता था, लेकिन आज, यह एक ऐतिहासिक संग्रहालय के रूप में देखने के लिए खुला है।