Zakynthos a perdu beaucoup de ses églises et bâtiments en raison d'un fort tremblement de terre qui a frappé l'île en 1953 et a laissé certaines de ses églises les plus importantes en ruines, ce qui a créé le besoin de déplacer les fonds des églises de peintures religieuses incarnant la vie des saints chrétiens, de précieuses icônes d'église, des peintures murales d'art et d'autres biens d'église à un nouveau bâtiment pour le préserver et ainsi le musée de Zakynthos a été fondé et d'où son importance.