Le Musée national d'histoire naturelle est situé dans le parc Rizal, et c'est l'une des principales attractions qui attire de nombreux habitants et étrangers, en raison de ses fonds répartis sur 12 expositions permanentes consacrées à chacune de la riche diversité biologique et géologique des Philippines. Il contient des modèles animaux, végétaux et géologiques qui représentent l'histoire naturelle unique. De plus, il abrite la structure « Arbre de vie » qui relie tous les écosystèmes uniques des Philippines.