Le musée présente une étonnante collection d'artefacts datant de la période néolithique de Malte (5000 avant JC) à la période phénicienne (400 avant JC). Les plus anciens outils utilisés par les hommes à l'époque préhistorique sont exposés pour faciliter leurs tâches quotidiennes, ainsi que la représentation de figures animales et humaines sur des présentoirs. Ces objets montrent non seulement les grandes compétences artistiques des premiers insulaires, mais nous donnent également un aperçu de leur vie quotidienne. Parmi les caractéristiques les plus importantes que le musée présente figurent la "Dame endormie", la "Vénus de Malte" et les poignards en bronze (récupérés des couches de l'âge du bronze dans les temples de Tarxian), en plus du collier d'Horus Anubis et de l'anthropomorphe sarcophage, qui appartiennent à la période phénicienne.