Ce musée qui raconte l'histoire de l'ancienne ville de Théra a été construit sur les ruines d'une église historique qui a été détruite lors du fort tremblement de terre qui a frappé l'île en 1956. Ce musée raconte en détail l'histoire de la ville à l'époque préhistorique, et raconte l'histoire de son origine et de sa destruction. Parmi les expositions du musée, il y a des statues, des poteries, des peintures murales, des meubles et bien plus encore. Le musée organise également de nombreuses expositions temporaires afin que les visiteurs du musée ne se lassent pas des expositions existantes.