Le musée est installé dans un bâtiment classique datant de 1903, propriété d'Andreas Kalokairinos, qui l'a donné à la Société d'études historiques crétoises pour qu'il soit transformé en musée en 1953. Les collections permanentes du musée mettent en valeur l'art et l'histoire de la Crète du quatrième siècle de notre ère jusqu'à la fin de la Seconde Guerre mondiale, les collections sont classées par thème et par ordre chronologique, et sont combinées avec des matériaux visuels et multimédias. Ils comprennent des céramiques, des sculptures, des pièces de monnaie, des bijoux, des fresques, des icônes, des manuscrits et bien plus encore. Il y a aussi la bibliothèque du Musée, qui abrite des tirages rares, de vastes archives et des documents photographiques qui s'adressent aux chercheurs et au grand public.