Le musée Fort Jesus est situé dans le fort militaire du même nom, construit par les Portugais au XVIe siècle après J.-C. Il est considéré comme l'une des meilleures attractions touristiques de Mombasa et est classé au patrimoine mondial de l'UNESCO. Ce musée présente une collection de découvertes, de vestiges archéologiques, de bijoux omanais et de certaines expositions qui en disent long sur la vie swahili et d'autres.