La collection du Musée Archéologique de Mytilène est répartie dans deux bâtiments ouverts aux visiteurs désireux de découvrir la Grèce, sa civilisation antique et ses monuments millénaires. L'ancien bâtiment du musée comprend une collection d'objets archéologiques de la civilisation romaine et pré-romaine, notamment des pierres tombales, des statues de marbre, des sculptures, des pièces de monnaie, des bijoux et des outils utilisés dans la vie quotidienne. Quant au deuxième bâtiment, il est spécialisé dans l'exposition de ce que les archéologues ont trouvé des restes du temple du dieu Aphrodite lors des fouilles continues, où les touristes peuvent voir les sols en mosaïque et les statues.