Établi à Mykonos en 1902, ce musée archéologique a été créé principalement pour préserver les reliques récupérées de la fosse de purification de 426-425 av. J.-C., découverte en 1898. Le bâtiment du musée présente des caractéristiques néoclassiques distinctives. D'innombrables vases au design complexe sont exposés dans le musée, dont certains remontent à la préhistoire, et il existe une collection de vases appartenant à la période hellénistique. L'une des pièces les plus importantes du musée sont les peintures habilement représentées de Bythos, qui ont été découvertes en 1961 alors que des creuseurs creusaient un puits à Mykonos.