Le monastère bénédictin est situé dans le centre de Padoue, près de l'ancienne basilique de Santa Justina, à laquelle le monastère a pris son nom. Le monastère abrite trois chapelles principales, dont deux églises des Saints Luc et Matthieu, et chacune contient une abside semi-circulaire et est entourée de deux chapelles. Ces églises sont classées comme des chefs-d'œuvre architecturaux et artistiques qui attirent grandement les touristes.