زاکینتوس بسیاری از کلیساها و ساختمان های خود را به دلیل زلزله شدیدی که در سال 1953 این جزیره را لرزاند از دست داد و برخی از مهمترین کلیساهای آن ویران شد که نیاز به انتقال دارایی های کلیساها از جمله نقاشی های هنری مذهبی که تجسم زندگی قدیسین مسیحی است را ایجاد کرد. آیکون های گرانبهای کلیسا، نقاشی های دیواری هنری و سایر اموال کلیسا، به ساختمان جدیدی برای حفظ آنها پرداختند.به این ترتیب موزه زاکینتوس تاسیس شد و اهمیت آن از اینجاست.