معبد سان فرانسیسکو در مقابل میدان د سان فرانسیسکو در مرکز گواناخواتو و در چند قدمی تئاتر خوارز واقع شده است. معبد سانفرانسیسکو متشکل از یک ساختمان صورتی مرتفع است که توسط راهبان فرانسیسکن در سال 1728 پس از میلاد ساخته شد تا به عنوان یک آسایشگاه خدمت کند. این معبد در کنار معبد سان خوان باتیستا تأسیس شد که بعداً بخشی از صومعه سان فرانسیسکو شد. راهبان فضای داخلی معبد سانفرانسیسکو را با محراب های سنگی کنده کاری شده به سبک باروک که در آن زمان غالب بود تزئین کردند.