موزه تاریخ طبیعی سن دیگو دارای نمایشگاه‌های جذاب و یک تئاتر دیجیتال سه بعدی با صفحه غول‌پیکر است که فیلم‌هایی را با تمرکز بر جهان طبیعی نشان می‌دهد. تیم طراحی نمایشگاه برنده جایزه موزه همچنین تلاش می کند تا نمایشگاه هایی را طراحی کند که به طور خاص بر زندگی طبیعی منطقه منحصر به فرد و تنوع زیستی جنوب کالیفرنیا تمرکز کند. علاوه بر این، این موزه هر ساله میزبان چندین نمایشگاه موقت است که به بازدیدکنندگان در مورد جهان طبیعی، مانند امروز، و مانند گذشته، در طول اعصار، آموزش می دهد.