در این موزه مجموعه ای شگفت انگیز از آثار باستانی از دوره نوسنگی مالت (5000 سال قبل از میلاد) تا دوره فنیقی (400 قبل از میلاد) به نمایش گذاشته شده است. قدیمی ترین ابزارهایی که مردم در دوره ماقبل تاریخ برای تسهیل کارهای روزمره خود استفاده می کردند نیز نمایش داده می شود و شخصیت های حیوانات و انسان بر روی صفحه نمایش نمایش داده می شود. این آیتم‌ها نه تنها مهارت‌های هنری بزرگ ساکنان اولیه جزیره را نشان می‌دهند، بلکه بینشی از زندگی روزمره آنها را نیز به ما می‌دهند. از برجسته‌ترین ویژگی‌هایی که موزه به نمایش می‌گذارد، «بانوی خفته»، «زهره مالت» و خنجرهای برنزی (بازیابی شده از لایه‌های عصر برنز در معابد تاراکسی)، علاوه بر گردنبند هوروس-آنوبیس و تابوت‌های انتروپومورفیک که متعلق به دوره فنیقی هستند.