دریاچه تونگا از دو دریاچه کوچک به نام های دریاچه تونگا و دریاچه اپرا تشکیل شده است. اکوسیستم موجود در دریاچه تونگا از آب های آزاد تشکیل شده است که توسط گیاهان مختلفی مانند نیزار و بید احاطه شده است همچنین دریاچه ها دارای درختانی شناور در آب هستند که در هیچ کجای دنیا نخواهید یافت. بیش از 82 گونه گیاهی در این دریاچه و اطراف آن وجود دارد که 32 گونه در معرض خطر انقراض است. در دریاچه تونگا نیز گونه های جانوری متفاوتی از نظر شکل، زیستگاه و اندازه وجود دارد که بارزترین آنها فلامینگو صورتی است که هر ساله از کنیا برای گذراندن زمستان در الجزایر می آید.