مسجد عیسی بیگ یکی از دقیق‌ترین نمونه‌های معماری سلجوقی است که در شهر افهسوس و در زیر کلیسای سنت جان قرار دارد و توسط معمار سوری علی بن مشیمیش الدمشقی بین سال‌های 1374 تا 1375 میلادی ساخته شده است. طراحی مسجد انجام شده است. به صورت نامتقارن، برخلاف سبک سنتی، موقعیت پنجره‌ها، درها و گنبدها عمداً مطابقت نداشت و کتیبه‌ای اسلیمی در تزیین ورودی وجود دارد. ستون‌های داخل نمازخانه از خرابه‌های پیشین در افسس است که نمای جالبی را تشکیل می‌دهد. در تضاد با مسجد، گنبدها با طرح فیروزه ای آبی تزئین شده اند که ویژگی های سبک عثمانی را نشان می دهد.