موزه مصر یکی از زیباترین موزه های واتیکان به حساب می آید و در قرن شانزدهم تاسیس شد. این موزه شامل بسیاری از آثار باستانی، مجسمه‌ها و آثار هنری رومی است. 9 سالن در موزه وجود دارد که می‌توانید آثار باستانی را که زمانی که مصر بخشی از امپراتوری روم بود به رم آورده شده‌اند، مانند مومیایی‌ها و تابوت‌های مصر باستان که از طریق آن‌ها ابعاد تمدن مصر باستان در دوره های مختلف آن قابل ترسیم است.