این موزه در سال 1899 به ابتکار امیلیو باکاردی، نویسنده و سیاستمدار کوبایی تأسیس شد، اما همسرش الویرا کیپ مسئول ساخت آن بود. در ابتدا، موزه کوچک بود و برای حفظ اشیاء با ارزش موجود در آن ناکافی بود. از این رو ساخت موزه بزرگ در اوت 1922 آغاز شد و این مکان به دلیل نزدیک بودن به مرکز شهر انتخاب شد. ساختمان موزه در 28 آگوست 1927 تکمیل شد و در 27 اکتبر 1927 افتتاح شد. در 12 نوامبر 1901 موزه به مجموعه محصولات طبیعی، اشیاء هنری، صنعتی، تاریخی و مردم شناسی اختصاص یافت.