مدرسه برخان در بخش تاریخی شهر قرار دارد و اولین ذکر آن در نسخه‌های خطی تاریخی به قرن شانزدهم بازمی‌گردد و در آن زمان به صورت مرحله‌ای ساخته شد، زیرا در ابتدا محل پرورش دو مقبره از این شهر بود. خاندان سلطنتی و سپس پس از گذشت بیش از 50 سال، حیاط و بنا توسعه یافت و به یکی از بهترین مدارس اسلامی زمان خود تبدیل شد. ساختمان این مدرسه از آنجایی که با تزئینات و موزاییک پوشانده شده و دارای گنبدهای زمردی زیبایی است، با جزئیات معماری مجلل خود متمایز است.