این موزه باستان شناسی در میکونوس که در سال 1902 تأسیس شد، اساساً برای حفظ آثار باستانی به دست آمده از یک گودال پاکسازی مربوط به 426-425 قبل از میلاد، که در سال 1898 کشف شد، تأسیس شد. ساختمان موزه دارای ویژگی های نئوکلاسیک متمایز است. این موزه تعداد بی‌شماری گلدان‌هایی با طراحی پیچیده را به نمایش می‌گذارد که قدمت برخی از آنها به دوران ماقبل تاریخ بازمی‌گردد و گروهی از گلدان‌ها متعلق به دوره هلنیستی هستند. یکی از مهم ترین نمایشگاه های موزه، نقاشی های ماهرانه عکاسی شده از پیتوس است که در سال 1961 هنگام حفاری چاهی در میکونوس توسط حفاری ها کشف شد.