هدف اصلی از افتتاح آکواریوم دانشگاه مورسیا نزدیک کردن بالاترین موسسه آموزشی و تحقیقاتی در منطقه (دانشگاه مورسیا) به عموم مردم و نشان دادن جنبه های خاصی از کارهای تحقیقاتی انجام شده توسط تیم زیست شناسان در رابطه با این آکواریوم از آنجایی که بازدیدکنندگان می توانند از دو نوع آکواریوم لذت ببرند، یکی آکواریوم گرمسیری است که در آن اکوسیستم های دریای سرخ، اقیانوس هند، اقیانوس آرام و دریای کارائیب نشان داده شده است و دیگری آکواریوم مدیترانه است.