تقع كنيسة سانتا ماريا دي بورتغاليت في موقع أبرشية قوطية صغيرة، وبُنيت من قبل سيدة فيزكايا وهي ماريا دياز دي هارو "María Díaz de Haro"، وكانت بورتغاليت، المدينة التي تقع بها الكنيسة، مدينة تجارية مزدهرة في وقتها، وسرعان ما نما عدد سكانها لدرجة أنّه أصبح من الضروري بناء كنيسة جديدة، فبدأت أعمال البناء حوالي عام 1492 وانتهت بعد أكثر من مئة عام في 1600.