بُنيت بازيليكا القديس يوحنا في القرن السادس تحت حكم الإمبراطور جستنيان الأول وزوجته ثيودورا على الموقع المفترض لقبر القديس يوحنا الذي يُعتقد بأنه جاء إلى أفيسس مع مريم العذراء، وبمرور الوقت، دمرت الزلازل والمهاجمون هذه البازيليكا العظيمة التي كانت تشكّل ثاني أكبر كنيسة في الأناضول في ذلك الحين، ولا يزال من الممكن رؤية أنقاضها الرائعة اليوم، وتبرز لوحات المعلومات الموزعة في المكان النموذج المصغر للمبنى الأصلي ببلاطه الرخامي وبوابته الضخمة.