يقع ضريح توغاكوشي جينجا في القرية اليابانية التي تحمل الاسم ذاته (وتُعرف بقرية النينجا)، وذلك في جبل يُعتقد محلياً أنه المكان الذي اختبأت فيه إلهة الشمس وأغرقت العالم بالظلام، ويتألف من 3 أضرحة فرعية (سفلي ومتوسط وعلوي)، كما تُحيط به أشجار الأرز اليابانية القديمة من كافة الجهات.