يقع معبد سان فرانسيسكو أمام ساحة بلازا دي سان فرانسيسكو في وسط جواناخواتو، على بعد خطوات قليلة من مسرح خواريز. يتكون معبد سان فرانسيسكو من مبنى شاهق وردي اللون، وقد شيده الرهبان الفرنسيسكان في عام 1728 م ليكون بمثابة تكية. تم تأسيسه بجوار معبد سان خوان باوتيستا، الذي أصبح فيما بعد جزءًا من دير سان فرانسيسكو. قام الرهبان بتزيين الجزء الداخلي من معبد سان فرانسيسكو بمذابح حجرية منحوتة على الطراز الباروكي الذي كان سائداً في ذلك الوقت.