تم بناء مدرسة الحجر كجزء من مجمع كبير من قبل المهندس المعماري أياد آغا على شرفة أعلى من الحمام والمسجد جنوب شرق مسجد كدك أحمد باشا، وإن مبنى المدرسة مستطيل الشكل ومغطى بطبقة حجرية مقطوعة وقبتين كبيرتين و24 قبة صغيرة، وتضم فناء في الوسط، وهي مثال نموذجي على المدارس العثمانية التي تتكون من فصل دراسي خاص مع 7 غرف كل منها يفتح على الشرفات على جانبي الفناء، وقد تم إصلاح المبنى الذي كان يستخدم كمدرسة حتى بداية القرن العشرين، وتم تحويله إلى متحف تاريخي.