يقع متحف صفاقس الأثري في قلب المدينة الحديثة، ويحتوي على مجموعات تغطي جميع فترات تاريخ تونس بقطع أثرية من المدينة وضواحيها وأيضاً من مواقع بعيدة، وتعود معظم المجموعات إلى العصر الروماني وتأتي من موقع طينة الأثري (Thaenae) الواقع على بعد حوالي عشرة كيلومترات جنوب صفاقس، كما تم تمثيل الحضارات الأخرى في المتحف من عصور ما قبل التاريخ إلى العصر الإسلامي الأول أو السلالات المحلية الحالية، ويتم عرض المجموعات على مستويين وفقاً للمعايير الحديثة؛ حيث تجعل اللافتات واللوحات التوضيحية بعدة لغات الزيارة مفيدة وممتعة.