يتميز متحف سان دييغو للتاريخ الطبيعي، بمعارض رائعة، ومسرح رقمي ثلاثي الأبعاد، بشاشة عملاقة، تعرض أفلامًا تركز على العالم الطبيعي. كما يسعى فريق تصميم المعرض، الحائز على جوائز في المتحف، إلى تصميم معارض تركز على الحياة الطبيعية في منطقة جنوب كاليفورنيا الفريدة والمتنوعة بيولوجيًا على وجه التحديد. بالإضافة إلى ذلك، يستضيف المتحف العديد من المعارض المؤقتة كل عام، لتعليم الزوار عن العالم الطبيعي، كما هو اليوم، وكما كان في الماضي، على مر العصور.