يضم مبنى متحف باليوبولي الحديث مجموعة مميزة من القطع الأثرية القادمة من مواقع التنقيب والبحث عن الآثار في إقليم الجزيرة حيث يختص المتحف بعرضها والحفاظ عليها. تتمثل أبرز مقتنيات المتحف في القطع الأثرية التي تعود إلى عصور ما قبل التاريخ، والتماثيل الرخامية والبرونزية، وقرابين الجنائز من العصور التاريخية، وقطعًا معدنية، وأواني فخارية، ومجوهرات ذهبية، بالإضافة إلى قطع وأجزاء من مباني المعابد القديمة.