قصر خضير خان المعروف أيضاً باسم لؤلؤة قوقند هو مركز آخر حاكم لخانية قوقند، وقد بني القصر في نهايات القرن التاسع عشر، وتحديداً في العام 1871. وتمتد مساحات القصر على مساحة 4 هكتارات، وهو من أجمل المباني المعمارية في المدينة، إذ تم تشييده ببوابة عالية وقوس ومدخل كبير وأربع مآذن رائعة الجمال، وتمت أيضاً إضافة زخارف إسلامية مهيبة على جميع جدران المبنى.