متحف التاريخ الطبيعي ، يقع في مجمع وزارة التراث والثقافة ، الخوير، مقابل مسجد الزواوي في مسقط ،  يحتوي المتحف على حفريات بحرية وحيوانية وثدييات قديمة مثل القرود والأفيال البدائية، والأسنان والحيوانات المحنطة.، ويضم عدة أجنحة وأقسام متنوعة منها ما يحكي التاريخ الطبيعي البحري لسلطنة عمان ومنها ما تحكي قصص الكائنات البرية التي عاشت في السلطنة وبقايا لأحجار ونباتتات وكائنات متحجرة. تضم هذه الأقسام بين جنباتها كنوزاً طبيعية تتنوع بين كائنات برية وبحرية ومعالم أخرى طبيعية ومنها بقايا مرجان متحجر عثر عليه في منطقة وادي السحتن ويقدر عمرها بأكثر من 270 مليون سنة . كما يضم المتحف بقايا لمعادن وأشجار متحجرة وعظام لكائنات عاشت في عُمان . ويحتوي على تغطية مفصلة للنباتات والحيوانات العمانية ، مع عروض عن الثدييات والحشرات والطيور والحدائق النباتية الأصلية ، ومن أبرز معالم المتحف قاعة الحيتان: فهي تضم الهيكل العظمي الكبير لحوت العنبر الذي تم غسله على الساحل العماني في عام 1986.