يعرض المتحف مجموعة مذهلة من القطع الأثرية التي تعود إلى العصر الحجري الحديث في مالطا (5000 قبل الميلاد)، حتى الفترة الفينيقية (400 قبل الميلاد). كما و يتم عرض أقدم الأدوات المستخدمة من قبل الشعب في فترة ما قبل التاريخ لتسهيل مهامهم اليومية، وتمثيل الشخصيات الحيوانية والبشرية على شاشات العرض. إن هذه العناصر لا تُظهر فقط المهارات الفنية العظيمة لسكان الجزيرة الأوائل بل تعطينا أيضًا نظرة عن حياتهم اليومية. ومن أبرز الملامح التي يعرضها المتحف هي "السيدة النائمة"، و "فينوس مالطة”، والخناجر البرونزية (المسترجعة من طبقات العصر البرونزي في معابد تاركسيان)، إضافة إلى قلادة حورس أنوبيس، والتابوت الإنثروبومورفي اللذان ينتميان إلى الفترة الفينيقية.