يعدّ متحف دائرة الجمارك الماليزية الملكية أحد أكثر المتاحف إثارة للاهتمام في ملقا، ويقع في قلب المدينة في مستودع جمارك قديم على ضفة نهر ملقا وبجوار نموذج سفينة فلور دي لا مار الشهيرة، ويعود تاريخ المبنى نفسه إلى تسعينيات القرن التاسع عشر عندما استخدم لتخزين السلع المستوردة مثل الأرز والسكر والمنسوجات في انتظار تحديد الرسوم الجمركية ودفعها، وتم تحويله إلى متحف في عام 2006، ويشتمل على مجموعة من المعروضات المميّزة مثل الزي الرسمي والمعدات القديمة والحديثة التي استخدمتها الدائرة والصور التاريخية لموظفيها.