تم بناء هذا المتحف الذي يروي تاريخ مدينة ثيرا الأثرية على انقاض كنيسة تاريخية تم تدميرها في الزلزال القوي الذي ضرب الجزيرة في العام 1956. ويروي هذا المتحف بالتفصيل تاريخ المدينة في عصور ما قبل التاريخ، ويروي قصة نشأتها وتدميرها. ومن ضمن المعروضات الموجودة في المتحف هناك تماثيل وفخاريات وجداريات وأثاث، وغيرها الكثير. ويقيم المتحف أيضا الكثير من المعارض المؤقتة لكي لا يمل رواد المتحف من المعروضات الموجودة.