تم بناء مسجد بو فطاطة في عهد الأمير أبو عقال في الفترة ما بين عامي 838 و841، وكان بمثابة نموذج لجامع سوسة الكبير الذي بُني بعده بعشرين عام، وعلى الرغم من عدم وجود دليل قاطع، إلا أن العلماء يتكهنون بأن المسجد بني للاستخدام الخاص للأمير. إن هذا المسجد مستطيل الشكل، ويتألف من قاعة صلاة صغيرة يسبقها رواق، وأقواس حدوة حصان تدعم مسند السقف على أرصفة مستطيلة، وتتكرر هذه الأقواس على الجزء الخارجي من قاعة الصلاة، حيث تدعم خزائن رواق المدخل، وقد تمت إضافة مئذنة فوق الزاوية الشمالية الغربية لقاعة الصلاة في وقتٍ لاحق، وإن واجهة المسجد الثلاثية يعلوها نقوش كوفية تتضمن تاريخ البناء، ويحيط بالمحراب عمودان صغيران، وقد تم رفع مستوى أرضية قاعة الصلاة اليوم قليلاً مقارنةً بالبناء الأصلي.