يقع متحف ملقا الإسلامي في المبنى القديم لمجلس ملقا الديني الإسلامي الذي يعدّ من بقايا التراث الهولندي على بعد ثلاث دقائق سيرًا على الأقدام من قلعة فاموزا، وتضمّ مجموعاته المعروضة نسخةً طبق الأصل من أقدم قرآن، ويهدف المتحف إلى أن يكون مركزًا لجمع البيانات والبحث وعرض المواد ذات الصفة الإسلامية، كما يقوم بتتبع الأدلة وإجراء البحوث حول أصل الإسلام في ملقا.