يعدّ المتحف البحري وجهةً سياحيّة شهيرةً في ملقا حيث يبلغ عدد زواره الشهري حوالي عشرين ألف شخص، ويشتهر بتصميمه على شكل سفينة فلور دي لا مار وهي سفينة برتغالية قيل أنها كانت تحمل الغنائم المنهوبة من ملقا عندما غرقت قبالة سواحل المدينة في طريق عودتها إلى البرتغال، ويقدّم منذ افتتاحه للجمهور في عام 1994م معروضات تعليمية حول تاريخ الميناء، وينقسم إلى عدة أقسام تغطي العصور المختلفة التي مرت بها المدينة من سلطنة ملقا إلى الحكم البرتغالي والهولندي والبريطاني.