تتشكل بحيرة طونغا من بحيرتين صغيرتين اسمهما بحيرة الملاح وبحيرة الأوبيرا. ويتألف النظام البيئي في بحيرة طونغا من مياه مفتوحة يحيط بها نباتات مختلفة كالقصب والصفصاف، كما ويوجد في البحيرات أشجار عائمة في المياه لن تجد لها مثيلاً في أي مكان آخر في العالم. ويوجد في هذه البحيرة وحولها أكثر من 82 صنفاً من النباتات، بما في ذلك 32 نوعاً مهددًا بالانقراض. ويوجد في بحيرة طونغا أيضاً أنواع حيوانية مختلفة من حيث الشكل والموطن والحجم ويعتبر أبرزها طائر النحام الوردي التي يأتي من كينيا لقضاء الشتاء في الجزائر كل عام.