يقع مسجد حضرة خضر في جنوب مستوطنة أفراسياب ومقابل بازار سياب الشهير، ويعد المسجد أحد أقدم المباني الدينية الإسلامية في سمرقند، إذ يرجح المؤرخون أن تاريخ بنائه يعود إلى القرن الثامن الميلادي. ويوجد حول المسجد مقبرة تقول الأساطير الشعبية أنها مشكلة من 7 مستويات من القبور، وهي قبور لقديسين وأنبياء. وقد دمر المسجد عبر التاريخ عدة مرات لكن اعيد ترميمه في كل مرة ليصبح ما عليه الآن. ويتمتع المسجد في الوقت الحالي بقباب رائعة الجمال وبأبراج عالية وبوابات مزخرفة وغيرها الكثير.