يعد مسجد أيا صوفيا معلمًا رئيسيًا في بلدة إزنيق حيث وقف شاهدًا على تحولات تاريخية عظيمة حدثت على طول مسيرة البلدة، وتأثر مبنى المسجد بهذه التحولات حيث يتضح من تصميمه المعماري الروماني البيزنطي أنه بني في العصور الأولى من انتشار الديانة المسيحية ليكون كنيسة رومانية، ومن ثم تحول عبر السنين إلى مسجد في الفترة العثمانية، وبعدها إلى متحف في تركيا الحديثة العلمانية، إذ يمكن للزوار التجول في أرجائه ومشاهدة التداخل في العناصر المعمارية والمقتنيات الدينية الإسلامية والمسيحية في ساحاته الداخلية والخارجية.