يقع متحف حصن يسوع في الحصن العسكري الذي يحمل الاسم ذاته والذي شُيّد على يد البرتغاليين في القرن السادس عشر الميلادي، ويُعتبر أحد أفضل مناطق الجذي السياحي في مومباسا، وهو أحد مواقع التراث العالمي التابعة لليونسكو. يعرض هذا المتحف مجموعة من الاكتشافات والبقايا الأثرية والمجوهرات العمانية وبعض المعروضات التي تروي الكثير عن الحياة السواحيلية وغيرها.