تقع كنيسة باناجيا المخفية في كهف مخفي في الصخور الضخمة المحيطة بشواطئ جزيرة ليسبوس، ويمكن للسياح الوصول إليها عبر رحلة بحرية على متن القوارب والسفن السياحية. مساحة الكنيسة صغيرة ولا تتسع لعدد كبير من الزوار، إلا أنه يمكن رؤية بعض الأيقونات واللوحات الفنية والكتب الدينية بداخلها، كما يمكن قضاء بعض الوقت في السباحة خارج الكهف.