يتألف المتحف البيزنطي أو المتحف الكنسي من مساحة فسيحة ومُخصصة لحفظ مجموعة لا بأس بها من الأيقونات والمقتنيات ذات القيمة التاريخية والثقافية الكبيرة، فهو يحتضن المباخر والشمعدانات والمنحوتات الخشبية والمُطرّزات الجميلة والكتب والمخطوطات القديمة واللوحات الجدارية من القرن الثاني عشر الميلادي، وذلك إلى جانب أيقونة أجيا مارينا الصغيرة ذات الأذرع المرفوعة التي تُعتبر من أقدم معروضات المتحف، فهي ذات أصول تعود إلى القرن السابع الميلادي.