يحتوي متحف التاريخ في الفرافرة على ثلاث أقسام أولها هو قسم التاريخ الأثري الذي يحتوي على معروضات من فترة قبل التاريخ وبداية الألفية وتاريخ ولاية الوادي الجديد من القرن السادس عشر إلى القرن التاسع عشر. أما القسم الثاني من المتحف فهو القسم الأنثولوجي الذي سيجد فيه الزوار معروضات من مصر القديمة وأقنعة ومنحوتات من أفريقيا ومنحوتات حجرية من أوقيانوسيا وغيرها. والقسم الثالث والأخير هو متحف للأطفال الذي سيتمكنون فيه من التعلم عن التاريخ وفهم العديد من المفاهيم العلمية المعقدة عن طريق أفلام وألعاب تفاعلية بسيطة.