أقيم هذا المتحف الأثري في ميكونوس عام 1902، والذي تم إنشاؤه في المقام الأول للحفاظ على الآثار المستردة من حفرة التنقية التي يعود تاريخها إلى 426-425 قبل الميلاد٬ والتي تم اكتشافها عام 1898. يتميز مبنى المتحف بملامحه الكلاسيكية الجديدة المميزة. ويُعرض في المتحف عدد لا يحصى من المزهريات المصممة بشكل معقد، يعود بعضها إلى عصور ما قبل التاريخ، وهناك مجموعة من المزهريات التي تنتمي إلى الفترة الهلنستية. وواحدة من أهم المعروضات في المتحف هي لوحات بيثوس التي تم تصويرها بمهارة٬ والتي تم اكتشافها عام 1961 بينما كان الحفارون يحفرون بئر في ميكونوس.