كان الهدف الرئيسي من افتتاح أكواريوم جامعة مرسية هو تقريب أعلى مؤسسة تعليمية وبحثية في المنطقة (جامعة مرسية) من عامة الناس، وإظهار جوانب معينة من العمل البحثي الذي قام به فريق علماء الأحياء فيما يخصّ هذا الحوض المائي، إذ يتاح للزوار الاستمتاع بنوعين من الأحواض، إحداها أحواض السمك الإستوائية، حيث يتم تمثيل النظم البيئية لكل من البحر الأحمر والمحيط الهندي والمحيط الهادئ والبحر الكاريبي والأخرى هي أحواض سمك البحر الأبيض المتوسط.