يتكون السجن الأكاديمي من ثلاث غرف صغيرة تم فيها سجن الطلاب المخالفين لقوانين الجامعة، مثل عدم إعادة كتاب إلى المكتبة، ويقع هذا السجن السابق في قبو مكتبة جوانينا في جامعة كويمبرا، وفي عام 1834، بعد الثورة الليبرالية في البرتغال، تم استخدامه كوديعة للكتب والمخطوطات المضيئة من الكنائس والأديرة، أما اليوم، فهو مفتوح للزيارة كمتحف تاريخي.