خسرت زاكينثوس العديد من كنائسها وأبنيتها بسبب زلزال قوي ضرب الجزيرة عام 1953 وترك بعضًا من أهم كنائسها مدمرة مما أوجد الحاجة لنقل مقتنيات الكنائس من لوحات فنية دينية تجسد سير القديسين المسيحيين، وأيقونات كنسية ثمينة، وجداريات فنية، وغير ذلك من ممتلكات الكنائس إلى مبنى جديد للحفاظ عليها وهكذا تأسس متحف زاكينثوس ومن هنا تأتي أهميته.