يقع هذا المسجد داخل مدينة صيدا القديمة في منطقة ضهر المير، على تلة مرتفعة تشرف على البحر من جهة الغرب, و قد كان في الأصل معبداً كنعانياًّ للشمس، و يؤكد على صحة ذلك النافذة الدائرية الشكل التي توجد في أعلى الحائط الشرقي من حرم المسجد، و التي تسمح لنور الشمس أن يغمر القاعة, و قد كان كل فاتح لهذه المدينة يحول ذلك المعبد الكنعاني إلى معبد يتوافق مع معتقده، بعد أن يجري عليه الإصلاحات اللازمة، إلى أن عاد البناء مسجداً بشكل ثابت في أواخر العهد الأيوبي، بعد أن حرر المسلمون صيدا من الصليبيين.